Pe locul mănăstirii a existat pe la 1679 un schit de sihastri. Așezământul de astăzi a fost întemeiat în 1833 de trei călugări români de la Mănăstirea Neamț — Visarion, Gherontie și Isaia — întorși de la Muntele Athos cu o corabie pe Dunăre, la Isaccea. Tradiția locului spune că toți trei au avut în aceeași noapte același vis: un cocoș le-a poruncit să ridice o mănăstire acolo unde dormeau.
Primul lăcaș, din nuiele lipite cu pământ, a fost reparat în 1846 cu încuviințarea sultanului Abdul Medgid, al cărui firman se păstrează în original în arhiva mănăstirii. În 1853 s-a ridicat o biserică de cărămidă și piatră, prin osteneala mocanului ardelean Nicolae Hagi Ghiță Poenaru, care se călugărise aici. Între 1862 și 1864, sub starețul Daniil, s-au ridicat clopotnița înaltă de treizeci de metri și chiliile în stil oriental, cu pridvor și cerdac — declarate monument istoric în 1959.
Biserica de astăzi a fost începută la 1 septembrie 1911, după planul arhitectului Toma Dobrescu, și lucrată de pietrari italieni; a fost terminată în 1913. Pictura în stil neobizantin a fost executată între 1914 și 1916 de pictorul italian Francisco de Biasse. La începutul anului 1914 trăiau aici optzeci și șase de călugări.
La 17 ianuarie 1973 au fost așezate în biserică moaștele sfinților martiri Zotic, Atal, Camasie și Filip, descoperite în 1971 la Niculițel. În 1985, în fosta clădire a stăreției s-a deschis o expoziție de icoane vechi și obiecte de artă religioasă din parohiile județului, cu o colecție de carte veche. În a doua jumătate a secolului al XIX-lea a funcționat aici una dintre primele tipografii românești din Dobrogea; se păstrează și astăzi o placă pentru xilogravuri și vechile litere.
